Als input voor het Vlaamse regeerakkoord 2009-2014 maakten de waterwegbeheerders een Infrastructuurmasterplan op dat de door hen gewenste infrastructuurprojecten oplijst. Hier staan eveneens de missing links uit het Mobiliteitsplan Vlaanderen 2001 in opgenomen. Door de lange looptijd van de projecten zijn deze nog niet gerealiseerd. Ook bij de binnenvaart zijn andere factoren dan de bereikbaarheid van de havens prioritair bij het selecteren van de projecten.

De belangrijkste routes voor het ontsluiten van de havens zijn de Seine-Schelde-verbinding, het Zeekanaal Brussel-Schelde en het Albertkanaal waar het pand Wijnegem-Antwerpen moet verbreed worden en de bruggen verhoogd.